Fernán González ha sido investigador del CINEP/ Programa por la Paz durante 45 años, sus principales campos de investigación son el análisis de las relaciones entre Iglesia y Estado en la historia colombiana, los procesos de formación del Estado-nación en Colombia y América Latina, y más recientemente, el trasfondo histórico de las violencias en Colombia.
El interés de Fernán por explicar la violencia desde la historia ha sido un proceso gradual, que empieza cuando se traslada de Barranquilla a Cali para hacer su apostolado en los barrios pobres de la sultana del valle.
Es pertinente resaltar que Fernán González ha sido destacado como referente de la Ciencia Política colombiana (en el libro publicado recientemente «La ciencia política en Colombia ¿una disciplina en institucionalización?»), y como el autor con la mayor capacidad para integrar las diferentes áreas de esta disciplina, pues ha tenido la habilidad de «viajar» entre las distintas áreas de la ciencia política en el país.
Él ha sido formador de investigadores y siempre ha hecho énfasis en que sus investigaciones y reflexiones son posibles gracias al trabajo de su equipo de Violencia Política y Construcción del Estado, con el que ha logrado que el campo de las ciencias políticas en Colombia transite por problemas territoriales y combine las miradas escalares con la conciencia de la larga duración.
Gracias a su trabajo contamos con una mirada histórica que no sólo reconstruye los procesos políticos sino que propone alternativas para la comprensión del funcionamiento del Estado colombiano y, sin duda, de otros Estados Latinoamericanos.
En la obra de Fernán se encuentran los análisis sobre el desarrollo de las fronteras, las variaciones económicas en las regiones, las estructuras políticas locales, las dimensiones territoriales del conflicto, así como su historia y adaptaciones que dan luces sobre «las posibilidades de consolidar relaciones ciudadanas de convivencia y fortalecer las instituciones en las regiones que han sufrido esos fenómenos».
La trayectoria de más de 40 años de investigación del P. Fernán González S.J., se recoge en sus páginas, y al mismo tiempo propone pistas para nuevas investigaciones sobre el funcionamiento de la política, el proceso del conflicto armado y la construcción del Estado colombiano.
Fernán quiere ser recordado como un maestro, el legado que queda en sus alumnos es el acumulado que se proyecta más allá de la coyuntura actual, es el aporte al entendimiento del país.
