El Banco de Datos de Derechos Humanos y Violencia Política, tuvo su origen a finales de 1987 como respuesta a la necesidad de explicarle a la comunidad internacional lo que estaba sucediendo en Colombia, a través de la sistematización de la información relativa a las violaciones más graves de los derechos humanos. 

En abril de 1988, casi en coincidencia con la fundación de la Comisión Intercongregacional de Justicia y Paz, espacio en el que participaba el entonces CINEP, se publicó el primer número del boletín Justicia y Paz que seguiría divulgando trimestralmente datos sobre la violencia política hasta junio de 1996, cuando entroncó con la revista Noche y Niebla. Esta última inauguró una nueva etapa, con categorías más elaboradas, en concordancia con instrumentos internacionales que definen los derechos humanos y el Derecho Humanitario aplicable en los conflictos armados.

En el año 2006 dentro del marco de articulación de las obras sociales de la Compañía de Jesús, y a partir de algunos cambios dados en la Comisión Intercongregacional se decide el traslado de bancos al CINEP/PPP constituyéndose en un importante proyecto de la institución.

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